Im 12. Jahrhundert fasste das 1127 gegründete Zisterzienserkloster Ebrach in Mainstockheim Fuß. Ebrach ist die erste Klosteransiedlung der Zisterzienser in Deutschland. Der Ebracher Hof Mainstockheim wird die älteste Kurie Ebrachs, weitere Ebracher Höfe folgen in näherer und weiterer Umgebung.
Seit 1140 soll das gesamte Dorf dem Kloster untertan gewesen sein. Verschiedene Originalzeugnisse fehlen, gelegentlich wird 1236 als erste Erwähnung Ebrachs in Mainstockheim genannt.