Im Zuge der Säkularisation wurde das Kloster aufgelöst und der Bestand ging an das bayerische Kurfürstentum. Mit den nun folgenden häufigen Eigentümerwechseln bis in die Mitte des 20. Jahrhunderts setzte ein Niedergang des Ebracher Hofes ein. Nach vorerst gescheiterten Versteigerungsversuchen ging der Amtshof 1804 an den Weinhändler Johann Georg Sterzenbach